Weitere Bautätigkeit wurde in Elephantine, Sesebi, Amada, Armant, Illahun, Assiut, Antinoe, Medum, Memphis, Heliopolis und Athribis nachgewiesen.

Während anfangs nur die Totengötter geächtet wurden, so erfolgte später mit der Verordnung Atons zum alleinigen Reichsgott und der „Theologie des Lichts“ eine Verfolgung aller Götter, sogar die Tilgung ihrer Namen auf vielen Inschriften.

Das Königspaar wurd zum Mittler zwischen den Gläubigen und Aton, zu einer Triade Aton – Echnaton – Nofretete.

Die Kunst wurde in den Dienst des neuen monotheistischen Glaubens gestellt, der althergebrachte Kanon der bildlichen Darstellung wurde durchbrochen und durch eine realistischere Wiedergabe ersetzt (Amarnastil). Ein wesentliches Thema war die  Darstellung der Königsfamilie auch in privaten Szenen. Auch Nofretete wurde oft wie der amtierende König dargestellt, eine offizielle Mitregentschaft wird heute angenommen.

In den östlichen Bergen Amarnas entstand eine neue Nekropole. Von den dort angelegten 26 Gräbern wurde neben dem Königsgrab aber nur noch ein einziges weiteres benutzt: das des Polizeichefs Mahu (Nr. A 9).

Da die offiziellen Quellen mit einem Bericht über den Fremdvölkertribut im 12. Jahr enden, bieten diese Gräber den einzigen Hinweis über das Ende der Amarnazeit. So starb die zweite Tochter Maketaton im 13. Regierungsjahr und wurde in der königlichen Gruft bestattet. Ein Relief zeigt u.a. eine Amme, die einen neugeborenen Jungen trägt. Leider sind die Inschriften stark zerstört und die Interpretation einiger Ägyptologen, Maketaton sei im Kindbett verstorben und der Junge sei ihr Sohn, erscheint etwas gewagt (Maketaton war erst 9 oder 10 Jahr alt und ihr Sarg gerade einmal 1 m lang). Die zerstörten, aber doch vorhandenen Kartuschen könnten eher auf eine weitere Mutterschaft Nofretetes hindeuten (Tutanchamun?). 

Die alte Königin Teje besucht im gleichen Jahr Achet-Aton und scheint kurz darauf verstorben zu sein.

Im Grab des Merire wurde das Königspaar mehrfach dargestellt, zuletzt mit 6 Töchtern im 13. Jahr (also noch vor Maketatons Tod).

Der Name „Nofretete“ wird ab dem 13. Jahr nicht mehr erwähnt, was wiederum zu weiteren Spekulationen eingeladen hat. Die einfachste Erklärung ist für einige Ägyptologen ihr plötzlicher Tod. Eine häufig vertretende These, sie sei in Ungnade gefallen, erfolgte auf Grund einer falschen Zuordnung.

Eigenartigerweise blieb ihr Namenszusatz „Anch chepru Rê“ weiter erhalten: als Beiname  des Königs Semench-ka-Rê, der heute meist als Co-Regent des Echnaton in dessen letzten Jahren angesehen wird. Weiteres über diesen mit Echnaton´s Tochter Meritaton verheirateten Herrscher siehe unter Semench-ka-Rê.

Echnatons Ende ist unklar. Im 17. Jahr scheint er gestorben zu sein und wurde wohl zunächst in der neuen Königsgruft von Amarna bestattet. Eine Untersuchung des Grabes brachte Fragmente des Sarkophages und einige Hinweise auf die Grabausstattung zu Tage. 

Das für ihn begonnene Grab  WV 25 im Tal der Könige/Westtal blieb unvollendet und unbenutzt.

Grab im Westvalley (WV 25) 

Weitere Teile seiner Grabausstattung wurden in KV 55 im Tal der Könige gefunden, so u.a. sein Sarg, der nun restauriert und identifiziert ist. Der im Sarg aufgefundene Tote gab allerdings jahrelang Rätsel auf: das Skelett wurde zunächst für das einer Frau gehalten. Nachdem später das Geschlecht eindeutig bestimmt war bildeten sich unter den Ägyptologen zwei Lager, die sich um das mutmaßliche Sterbealter des Toten stritten. Der Zustand der Zähne deutete auf ein höheres Alter, passend für Echnaton. Die Röntgenaufnahmen zeigten für die Pathologen ein Sterbealter von höchstens 20 Jahren und so wurde das Skelett meist für Semench-ka-Rê gehalten. Eine neuere Untersuchung im Jahr 2008 mit Hilfe von CT rückt Zahi Hawass das Alter wieder in Richtung "um die vierzig" und Echnaton kam wieder ins Gespräch. Dank der nun erfolgten DNA-Untersuchung einiger Mumien steht fest: die Mumie aus KV 55 ist der Vater des Tut-anch-Amun und der Sohn der "Elder Lady", die eindeutig als Teje identifiziert wurde. Man hat Echnaton gefunden!

Nicht zuletzt durch den mangelnden Rückhalt der neuen Religion in der meist konservativ eingestellten Bevölkerung und dem starken Widerstand der Priesterschaft der verfemten alten Götter erfolgte eine Rückkehr zu den alten Traditionen. Die Stadt Achet-Aton wurde  unter Tut-anch-Amun verlassen und unter Haremhab auch Atons Tempel in Karnak abgerissen. Den "Schutt" verwendet Haremhab als Füllmaterial für den 9. und 10. Pylon, aus denen jetzt über 120.000 „Talatat“-Blöcke geborgen wurden, davon um 40.000 beschriftete.

Auch wenn nach Echnaton eine Rückkehr zu Gott Amun erfolgte, so blieb doch vieles. Amun musste in der nach-Amarna-Zeit seine Stellung mit Rê und Ptah teilen. Die Sonnenscheibe nahm in der 19. und 20. Dynastie eine hervorgehobene Stellung ein. Künftige Königsgräber wurden ohne Knickachse angelegt und gerade, damit die Sonnenstrahlen direkt einfallen können. Das Neuägyptische bleibt Schriftsprache und in der Kunst haben sich Elemente des Amarna-Stils behaupten können.

Residenzstadt wurde wieder Memphis.  

Außenpolitische Situation 

Zeitzeugen des Echnaton